Eu encontrei o mesmo problema e eu reinstalei o Ubuntu e pareceu funcionar muito bem, talvez você deva reinstalar o Ubuntu.
Reading package lists... Error!
E: Read error - read (5: Input/output error)
E: The package lists or status file could not be parsed or opened.
Isso é o que eu recebo quando tento instalar qualquer coisa no terminal e o centro de software não carrega. Eu instalei o Windows XP Pro para poder usar o itunes ontem e ele congela, eu inicializei o Ubuntu com o XP e não consigo instalar nada, também não posso usar minha placa de som e tive que usar a placa de som embutida placa-mãe.
Eu encontrei o mesmo problema e eu reinstalei o Ubuntu e pareceu funcionar muito bem, talvez você deva reinstalar o Ubuntu.