A interface padrão do Unity faz uso dos recursos do OpenGL da placa gráfica para compor as diferentes janelas para formar a imagem da área de trabalho.
O modo de fallback do Gnome não faz uso de composição, portanto, em vez de os aplicativos desenharem em seus próprios buffers e fazer com que o gerenciador de composição desenhe esses buffers na tela, eles vão diretamente para a tela. Isso é mais simples e a diferença de desempenho pode ser perceptível se você tiver uma placa de vídeo com pouca potência ou se os drivers da placa de vídeo não estiverem à altura.
Com isso em mente, há também uma opção de login "Unity 2D" que você pode escolher e que não atua como um gerenciador de composição. Para a maior parte, ele deve executar mais ou menos assim como o modo de fallback do Gnome. Então, se você gosta da interface do Unity, mas está tendo problemas com o desempenho, tente testá-la.