O Zend Server CE instala um script de execução em /etc/init.d/zend-server
(que, na verdade, é um link simbólico para /usr/local/zend/bin/zendctl.sh
). A maneira mais fácil de impedir o Zend Server CE de iniciar é remover o link simbólico, por exemplo:
rm /etc/init.d/zend-server
Dessa forma, o arquivo original será mantido em seu sistema, mas não será executado na inicialização.
[Editar]: Se você quiser que o serviço volte, basta vinculá-lo novamente:
ln -s /usr/local/zend/bin/zendctl.sh /etc/init.d/zend-server