O atalho do qual você está falando é chamado .desktop files. Eles estão em um dos dois lugares.
/usr/local/share/applications
ou
home/.local/share/applications Note que o .local é um arquivo oculto, então você precisará mostrar arquivos ocultos Ctrl+h para vê-los
O mais provável é que os arquivos estejam no usr/local , então você precisará usar sudo para excluí-los.
Quando você exclui esses arquivos .desktop , eles não serão mais exibidos no seu Dash em Aplicativos instalados, mas continuarão sendo exibidos no histórico recente até que você abra outros programas suficientes para eliminá-los.