Se o . no final estiver no seu comando, você o moveu para ~. (seu nome foi renomeado, ele ainda está no mesmo diretório).
Se o . for um erro e não estiver no seu comando atual, você o moveu para / home / username (o nome do arquivo permanece o mesmo).
Execute o seguinte comando para mover o arquivo para seu diretório pessoal:
mv ~/Downloads/~. ~/file.zip
Seu diretório inicial é ~/ não ~.