Faz tanto tempo desde que eu duelizei com o Windows, mas eu acredito que as distribuições atuais do Ubuntu podem ser instaladas no Windows via wubi. Esta página pode ajudar:
Iniciar o Windows e pop no dvd do Ubuntu, ou o USB para tornar as coisas muito mais rápidas. O Wubi pode ser executado automaticamente se você estiver usando o liveCD, e se você estiver usando o usb, abra-o e clique no ícone do wubi.
FYI, ao instalar o Ubuntu, o Windows geralmente bagunça o gerenciador de inicialização (grub) e só inicializa o Windows.