Bem, quando o gerenciador de arquivos é aberto, o áudio fica meio que "temporariamente descompactado", para que você possa ver e reproduzir os arquivos. Quando o gerenciador de archive não está aberto, ele está em formato zipado e o Rhythmbox não pode reproduzir arquivos compactados.
Solução: digite unzip (filename.zip)
no terminal. Ou, no gerenciador de arquivos, pressione Extrair, selecione para onde deseja ir os arquivos e pressione "extrair" ou qualquer outro botão de confirmação.