Não sei ao certo como você está colocando as janelas em espaços de trabalho diferentes, mas se quiser colocá-las de volta, o Ctrl-Alt-Shift-Arrow permitirá que você as mova entre espaços de trabalho.
Para uma solução mais permanente, se você não quiser usar espaços de trabalho, você pode usar o compizconfig-settings-manager para desativá-los. Abra o gerenciador de configurações, selecione a guia Opções Gerais e, em seguida, a guia Tamanho da Área de Trabalho. Defina o tamanho horizontal e vertical como 1 e você não terá mais vários espaços de trabalho.