Como mencionado em outro comentário, você precisa editar o arquivo ~ / .config / user-dirs.dirs. O que eu vi foi algo assim:
XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/"
XDG_DOWNLOAD_DIR="$HOME/"
XDG_TEMPLATES_DIR="$HOME/"
XDG_PUBLICSHARE_DIR="$HOME/"
XDG_DOCUMENTS_DIR="$HOME/"
XDG_MUSIC_DIR="$HOME/"
XDG_PICTURES_DIR="$HOME/"
XDG_VIDEOS_DIR="$HOME/"
Eu mudei para algo assim:
XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/Desktop"
XDG_DOWNLOAD_DIR="$HOME/Downloads"
XDG_TEMPLATES_DIR="$HOME/"
XDG_PUBLICSHARE_DIR="$HOME/Share"
XDG_DOCUMENTS_DIR="$HOME/Documents"
XDG_MUSIC_DIR="$HOME/Music"
XDG_PICTURES_DIR="$HOME/Pictures"
XDG_VIDEOS_DIR="$HOME/Videos"
Em seguida, reinicie o nautilus:
killall nautilus
ou
nautilus -q
Em seguida, abra o nautilus pelo menu Unity (pressione a tecla Super) ou use o comando run (Alt+F2)