Não é um vírus. Ele está oculto de nautilus (navegador padrão do sistema de arquivos Unity GUI) por padrão. É visível quando você navega usando o Terminal (do ls -h para incluir arquivos ocultos ao listar).
É um diretório onde os arquivos são colocados quando você os exclui via GUI, para que você possa restaurar arquivos quando eles são excluídos dessa maneira, mas não quando você faz isso via Terminal (por exemplo, rm $FILE ou rm -r $DIRECTORY ; eles são essencialmente ido para sempre).
Leia Como impedir que o Ubuntu crie uma pasta .Trash-1000 ao excluir arquivos de uma unidade flash USB? para obter mais informações sobre a pasta .Trash-1000 e como impedir que ela seja criada.
Em resumo, o link incluído inclui:
% bl0ck_qu0te% Você pode remover com segurança .Trash-1000 , de preferência via Terminal (executar rm -rf .Trash-1000 ).