É um problema (provavelmente bug?) no OpenJDK Java 9 Runtime Environment que é usado pelo PyCharm.
O Java 9 ainda está em fase de desenvolvimento e não se pode esperar que seja estável até março de 2017.
Você deve remover o Java 9 e instalar e usar o Java 8.
sudo apt install openjdk-8-jre
sudo apt purge openjdk-9-*
Mas antes de confirmar o segundo comando (limpar o Java 9), verifique a lista de pacotes que serão removidos. Se alguma coisa que você instalou depender diretamente do Java 9, ela também será removida. Cancele e informe se algo está listado lá que você deseja manter ou não tem certeza.