Bem, executar um Live USB é uma única sessão, ele não salva / armazena dados em seu disco rígido ou até mesmo se relaciona com o sistema operacional atualmente instalado. A menos que você faça uma instalação sobre as parções que armazenam o sistema operacional real, nada no armazenamento de laptops será alterado. Assim, você sempre "perderá seu sistema" ao remover ou desligar a inicialização por USB.
Quando você está tentando instalar o Kali no USB, o que você quer dizer com ele não instalará? Ele não detecta o HDD ou há algum erro?