Não, você não deve experimentar uma diminuição no desempenho
A única coisa que é afetada negativamente pela execução de uma inicialização dupla é seu espaço em disco. Embora isso possa ter outros efeitos colaterais que podem causar uma diminuição no desempenho, isso não é necessariamente causado por uma diminuição de desempenho específica de inicialização dupla.
Desconsiderando o espaço da unidade, você não estará experimentando nenhuma perda de desempenho porque apenas 1 sistema operacional será executado por vez, portanto, o outro sistema operacional não poderá fazer nenhuma chamada e tirar o tempo da CPU ou da RAM.