O caminho de instalação padrão para arquivos de configuração geralmente é /usr/local/etc (mas, para o Apache, é /usr/local/apache2/conf ). Para mudar isso, você deve passar --sysconfdir=/etc para o programa configure .
Como /usr/local/apache2/sbin não está no seu $PATH , você está usando a instalação do Apache a partir de sua distribuição (que geralmente reside em /usr/sbin ). Especifique o caminho completo ( sudo /usr/local/apache2/sbin/apachectl start ) ou coloque o diretório apache2 em seu PATH antes de executá-lo. (Você poderia ter descoberto isso executando which apachectl ou type apachectl .)
Por que você está instalando o Apache manualmente se não sabe o que está fazendo? Sugiro ficar com a versão distribuída, a menos que você tenha uma razão muito convincente para não fazê-lo.
Mais detalhes sobre as opções de configuração: