Acesse o link . Encontre o bloco "Get Eclipse Neon", deve haver um botão "Download 64 bit", e depois o botão "Download". Isso lhe dará um "eclipse-inst-linux64.tar.gz". Abra-o com o seu gerenciador de arquivos. Extraia para um local temporário (subdir de Downloads, provavelmente). Em seguida, abra o diretório "eclipse-installer" resultante e execute o executável "eclipse-inst". Siga as instruções.
Em suma, o instalador de pacotes de software para Linux ficará um pouco atrás das últimas versões disponíveis para pacotes, e nem sempre será a melhor maneira de instalar coisas específicas.