Você deve adicionar e depois após os colchetes, porque então IF saberá que IF $ runNumber -eq 1 fará isso.
Portanto, o script correto deve ser semelhante:
if [ $runNumber -eq 1 ]; then
cp constant/polyMesh/blockMeshDict ./
rm -rf constant/polyMesh/*
mv ./blockMeshDict constant/polyMesh
blockMesh > log.blockMesh 2>&1
decomposePar -cellDist -force > log.decomposePar 2>&1
fi
Alguns exemplos para o futuro: link