Veja o que fiz e pareceu funcionar.
Reescreva sources.list
de /etc/apt
usando o arquivo sources.list
padrão, conforme especificado na documentação do Ubuntu 16.04.
sudo apt-get update
sudo apt-get -f install
sudo apt-get upgrade
Agora eu entendo que pode haver problemas ao misturar repositórios de diferentes distribuições Debian. Eu posso tentar instalar alguns pacotes padrão do Kali, um pacote por vez, seria mais difícil bagunçar tudo de uma só vez.