Se você tiver certeza de que a entrada da área de trabalho funciona, a maneira mais fácil é colocá-la em /usr/share/applications
(você precisará dos direitos sudo), fazer logout e login novamente e o menu ubuntu mate detectará automaticamente. Você pode clicar com o botão direito do mouse e escolher "Adicionar ao painel".
Você também pode clicar com o botão direito no painel e escolher "Adicionar ao painel", depois escolher "Personalizar o Iniciador de Aplicativos" e copiar a linha "Exec" da sua entrada na área de trabalho para a seção "Comando".