É porque nautilus o gerenciador de arquivos tem alguns problemas com a gravação de dados em pendrives, é um problema conhecido que leva muito tempo para sincronizar os dados para o disco.
Se você precisar mais rápido, você pode usar a linha de comando, se você abrir um terminal gnome e digitar cp, em seguida, solte o arquivo que deseja copiar no terminal e seu nome completo e cotado aparecerá. local que você deseja que o arquivo vá e pressione enter.