Na minha unidade local para uma pasta, quando eu adiciono '.' seguido do nome da pasta e pressiona ctrl + H , a pasta fica invisível, mas uma vez se eu fechar essa unidade e abri-la novamente, os arquivos ocultos serão automaticamente visíveis sem pressionar ctrl + H . Então, como esconder uma pasta permanentemente.
Eu acredito que você precisa desligar manualmente o "." arquivos que podem ser visualizados no menu "editar" - > Preferências e desligar a opção "Mostrar arquivos ocultos e de backup".
Acho que isso deve ocultar permanentemente os arquivos. Espero que isso ajude.