Sim e não.
As aplicações que requerem o X11 não funcionarão, sem modificação. Aplicações que foram modificadas para funcionar adequadamente sob estrito confinamento, e que funcionarão no Mir em vez do X11, devem funcionar.
Quanto à instalação para diretórios alternativos, clique em pacotes (o formato / sistema de empacotamento para o Ubuntu para dispositivos) instalados por meio do escopo da loja de aplicativos, só será instalado em um único local. Você pode fazer a instalação manual para instalá-los em um local separado, no entanto. Quanto aos pacotes deb, eles também podem, teoricamente, ser instalados em um caminho-raiz diferente, mas as interdependências entre pacotes podem resultar em instalações desfeitas se você fizer isso.