O Skype requer que o pacote sni-qt: i386 seja instalado para integração com a área do indicador no Ubuntu 11.10. Para instalar este pacote, execute o seguinte a partir da linha de comando:
sudo apt-get instale sni-qt: i386
Em seguida, mate e reinicie o Skype novamente. Depois disso, você deve sempre ter o ícone no painel e ser capaz de acessá-lo mesmo depois de fechar a janela.