Tanto o apt-get, o software center, as atualizações automáticas (e o synaptic) usam um arquivo de bloqueio para tentar garantir que duas atualizações ou instalações não ocorram ao mesmo tempo. Geralmente, os conflitos são tratados como deveriam, mas não é uma boa ideia executar vários programas de instalação / atualização ao mesmo tempo.
Reinicie o computador e faça
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
e veja se funciona. Se isso acontecer, então você faz
sudo apt-get install synaptic
Se você tiver mais problemas, dê uma olhada em este guia .