man atd
states:
/var/spool/cron/atjobs The directory for storing jobs;
this should be mode 700, owner daemon.
/var/spool/cron/atspool The directory for storing output;
this should be mode 700, owner daemon.
Assim, o trabalho real é salvo em atjobs e a saída (se houver) desses trabalhos é armazenada em atspool.