Você precisa configurar o update-manager para não abrir automaticamente quando novas atualizações estiverem disponíveis. Normalmente, não exibe apenas uma janela. Ele é projetado para abrir como um aplicativo minimizado, portanto, você só deve vê-lo na lista de aplicativos em execução. Você pode simplesmente fechar e ignorá-lo, se desejar, e usar sudo apt-get upgrade ou sudo apt-get dist-upgrade para instalar quaisquer pacotes que precisem de atualização, após executar sudo apt-get update .