Eu experimentei esse mesmo problema no meu Sony Vaio usando meu mousepad ALPS GlidePoint.
Atualmente, não posso oferecer uma solução permanente, mas, no meu caso, pelo menos, determinei que a propriedade 'Synaptics Off' está sendo alternada para 1 (true) e quando a altero de volta para 0 (false meu mousepad funciona de novo.
Você pode acessar e alterar as propriedades através do terminal (ctrl + alt + t). Aqui está um exemplo do que eu faço:
xinput list
Eu procuro o nome do meu mousepad e observe que ele é exibido como ID. Para este exemplo, id = 10
Então:
xinput set-prop 10 'Synaptics Off' 0
Depois disso, meu mousepad funciona novamente. Espero que isso ajude:)