Uma entrada de inicialização está registrada no MBR para uma partição. Uma partição pode ter apenas um propósito, é um sistema operacional ou outra coisa. Não podem ser dois sistemas operacionais ao mesmo tempo.
Imagine se você tivesse dois sistemas operacionais em uma partição, qual deles deveria chamar o MBR? O primeiro ou o último?
Então, em resumo, você inicia uma partição (via MBR) que carrega o SO.