Você pode verificar o seu compiz-config e o seu nvidia-settings se você tiver o V-Sync habilitado?
Estou executando o driver 310 para o Ubuntu, mas não com o Compiz. Como eu não acho que é o desempenho com o vsync é bom o suficiente. No trabalho eu estou usando um cartão de intel com compiz, e é um outro negócio, - funciona fluentemente. Na minha experiência mutter ou kwin faz um trabalho melhor com o vsync'ing em placas nvidia. Talvez alguém tenha uma experiência diferente, mas eu tive esse problema tanto com minha antiga placa 8800GT quanto com a minha atual GTX 570.
Existe um driver mais recente no site da nvidia. que você pode tentar. Mas você terá que fazer uma instalação manual.