Você pode usar:
rename 's/%/_/g' *
Primeiro, execute-o usando a opção -n
(execução a seco) para garantir que tudo esteja bem:
rename -n 's/%/_/g' *
Para capturar o número também:
rename -n 's/%[0-9]/_/g' *
ou até mesmo usar algo assim para remover todos os caracteres, exceto os alfanuméricos:
$ rename -n 's/[^a-zA-z0-9]/_/g' *
rename(%SOME%2FFOR%, _SOME_2FFOR_)
rename(SOME%2FFOR, SOME_2FFOR)
rename(SOME%2FFOR%, SOME_2FFOR_)