Você pode usar lançadores. Qual distribuição você usa? Veja aqui para saber como criar um lançador na área de trabalho: how-can- i-create-launchers-on-my-desktop . No espaço de comando, digite
gksudo application_name
se for uma GUI ou
sudo application_name
se for executado no terminal.
Marcar como executável:
chmod +x launcher_name
Ou clique com o botão direito e selecione Marcar como executável.