Resposta curta
O WINE é mais rápido e usa menos recursos do que uma VM, especialmente se a VM estiver emulando um processador de alta velocidade e / ou multicore.
Resposta longa
WINE é um shell de comando. Recebe chamadas de comandos / funções do Windows e as converte em chamadas de comandos / funções do Linux. Assim, ele é executado a uma velocidade quase nativa e possui acesso nativo a todo o hardware do sistema. No entanto, não é uma instalação verdadeira do Windows, portanto, alguns programas não serão executados ou precisarão de configurações muito específicas.
Uma VM é um emulador. É um programa que finge ser uma CPU, GPU e hardware de um computador. Assim, tudo é executado dentro desse ambiente de emulação com interfaces de usuário sendo alimentadas / lidas do sistema host. As VMs podem ter uma instalação real do Windows e executar todos os programas que normalmente seriam executados no Windows. No entanto, o lado negativo é menor desempenho e maior uso de recursos, porque você está executando o emulador, além do programa. Não me lembro exatamente, mas acredito que a carga de um emulador é de 1,5 a 2 vezes maior que a da CPU que você está emulando. Ou seja, um emulador de 1 GHz usará 1,5-2 GHz de CPU ao executar um programa.