O Wubi inicializa por meio do gerenciador de inicialização do sistema operacional Windows (usando grub4dos ). Ele não instala seu próprio gerenciador de inicialização, portanto ele não pode ser iniciado de forma independente. Portanto, inicializar a partir da unidade externa não fará nada.
O Wubi também não é portátil (talvez com algum esforço manual, mas não de maneira prática).
Portanto, se você quiser uma instalação portátil em uma unidade externa, é necessário fazer uma instalação adequada. Isso será totalmente portátil (supondo que você não precise de drivers gráficos personalizados em um computador, mas não no outro).