Por favor, leia a documentação sobre o gerenciamento de software no Xubuntu. Observe que o spyder3 é disponível no repositório universe .
Então, por que não remover o Spyder instalado pelo pip e começar a usar uma versão empacotada?
Sobre o assunto em questão, esta resposta para Não é possível fazer com que o spyder funcione com o python3 (propriamente *) pode ser útil.