Provavelmente, você precisa redefinir sua sessão. Exclua qualquer configuração em cache na pasta $ HOME, dentro das pastas de pontos (.config, .gnome). Depois, você precisaria realocar seus ícones e applets.
Com o Ubuntu 14.04, felizmente usei gnome-session-fallback até ontem, quando uma atualização regular quebrou meu painel de barra superior após a reinicialização. Agora tenho acesso aos atalhos que adicionei, mas os ícones do "sistema" desapareceram:
Nãotenhomaisosímbolo(?)dandoacessoaologout,restart,system,...Orelógio,oíconedesom,ogerenciadorderede,alinguagem,..tambémdesapareceram(vejaestepaineldeexemplo:)

Eutenteirealmentemuitascoisas,incluindoareinstalaçãocomapt-get--reinstallinstall,alternandoparaomate(foiomesmo!),retornandoparagnome-session-fallback,testandognome-shellwhithlightgdm,removendo...
Estouapenaspresoaopainelsuperiorparcial!Meusistemaparecefuncionar,mastemoquehajaalgumasinconsistências...
Maisinformações:
$DESKTOP_SESSIONe$GDMSESSIONestãodefinidoscomognome-fallback-compizwmctrl-mmediz:fora:
Name:CompizClass:N/APID:N/AWindowmanager's"showing the desktop" mode: OFF
Quaisquer pistas dos seguintes passos que eu posso dar? No momento, não é possível desligar da GUI, preciso inserir shutdown now no terminal.
Provavelmente, você precisa redefinir sua sessão. Exclua qualquer configuração em cache na pasta $ HOME, dentro das pastas de pontos (.config, .gnome). Depois, você precisaria realocar seus ícones e applets.
Corrigido problema depois de algum tempo, respondendo a própria pergunta para futuros leitores:
O que eu estava perdendo no meu painel é chamado de indicador-applet (veja pacotes aqui ).
Uma vez que eu verifiquei que ele foi reinstalado corretamente (com sudo apt-get --reinstall install indicator-applet-complete ), eu apenas editei meu painel (Win + Alt + clique direito) e adicionei o applet, como explicado em esta questão .
Agora, só é necessário corrigir a posição no painel, mas isso é um problema menor.