No site do fórum do Skype for Linux: Skype para Linux - main.db não é atualizado
Citando Van_M , o Moderador da Comunidade do Skype:
% bl0ck_qu0te%Portanto, parece que o novo aplicativo do Skype (versões 5.5 e 8.10) NÃO armazena mais um banco de dados sqlite local com mensagens, contatos, conversas etc.