Significa simplesmente que você tem as mesmas fontes configuradas várias vezes no mesmo arquivo (/etc/apt/sources.list.d/virtualbox.list). Tente isso -
cd /etc/apt/sources.list.d/
cp virtualbox.list ~/backup.list
cat virtualbox.list | sort -u >> ~/tmp.list
sudo cp ~/tmp.list virtualbox.list
sudo apt-get update
Se os erros desaparecerem, você poderá remover o backup.list