Eu tenho procurado por uma solução para várias partições persistentes há muitos anos, sem sucesso. Vários arquivos casper-rw persistentes podem ser usados adicionando-se o caminho persistente ao grub.cfg logo após persistente, ou seja, persistent-path = / foldername /
Se você reutilizar uma partição persistente para uma versão diferente do Ubuntu, sem primeiro excluir os dados, você acabará com uma confusão total e provavelmente não inicializará.
Basta abrir a partição casper-rw usando o "sudo nautilus" e excluir os dados contidos nela e a nova versão deve ser executada com persistência.
Você também pode criar uma segunda partição persistente chamada home-rw. Ela armazenará a pasta base e poderá ser usada de versão para versão.
Você pode fazer várias partições casper-rw, mas o Ubuntu sempre parece usar aquele com o menor número, ou seja, sda4 não sda5.
Você sabe que atualmente, (16.04), instalações do tipo syslinux, (Rufus, UNetbootin, SDC, Universal) não funcionam com partições persistentes. Você precisa de um instalador do grub2 como o mkusb para usar partições persistentes.