Você não está sozinho, estou em uma configuração de vários monitores em 14.04LTS e sempre que eu derrubar os marcadores no chrome desde a última atualização, ele mostra os marcadores na tela oposta. Eu não acho que o WebEX faça parte da equação, isso parece ser especificamente um problema do Chrome.
Versão do Chrome 43.0.2357.65 (64 bits)