O comando atualiza sua lista de pacotes, enquanto os modificadores -qq significam "muito silencioso", então não há saída e -y significa que ele automaticamente responde a todas as perguntas com yes. Talvez você queira alterar suas configurações para busca automática de atualizações, o que possivelmente poderia iniciar um comando como este. Talvez haja também um erro com seus fontes de pacotes, o que faz com que seja executado em loops infinitos. Tente executar o comando em um terminal sem a opção quiet (-qq) e veja como ele se comporta. Mas normalmente você tem que usar o sudo para executar o apt-get com privilégios de root. O processo que você encontrou na sua pergunta está sendo executado como root ou como você (usuário normal)?