O seu disco rígido é particionado de tal forma que você poderia instalar o Ubuntu 14.04 novamente em uma partição separada, ao fazê-lo, fazendo uma instalação limpa livre de qualquer confusão? O mesmo problema surge se você simplesmente inicializar a partir de um CD ao vivo? Eu tenho quatro partições (às vezes mais), e uma é a atual 14.04, a outra é a 12.04, há uma partição separada onde eu mantenho todos os meus arquivos de dados chamados 'Global Docs', e então há o 'Swap file'. Eu atualizo as instalações do Ubuntu na moda 'pular'; o que significa que eu sobrescreverei a partição 12.04 com 16.04 quando ela aparecer.