Eu só tive que fazer isso, depois de excluir meus favoritos de um computador público após sair (mas não "desconectado" o suficiente). Mais tarde eu comecei meu computador principal e POOF os favoritos desapareceram.
A) Crie pelo menos mais uma cópia dos seus bons favoritos em um bom computador (use o Bookmarks.bak, inclusive). Não restaure isso ainda - se você os deletou de OUTRO computador, eles simplesmente serão descartados novamente.
B) Abra o Chrome, vá para Configurações > Pessoas > Sincronizar > desativar 'Synch Bookmarks' (talvez desabilitar 'sincronizar tudo' primeiro)
C) Desativar o acesso à Internet (desconecte o cabo, desabilite o WiFi, o que for)
D) Copie sua cópia dos favoritos para ~/.config/google-chrome/Default/Bookmarks
E) Iniciar o Chrome
F) vá para https://www.google.com/bookmarks/
[como gerenciei isso com o desligamento da rede? ou funcionou, ou eu perdi um passo]
G) 'Exportar marcadores' (painel LHS) em algum lugar
H) Fechar o Chrome
I) Ative novamente a rede, reinicie o Google Chrome, reative a sincronização de marcadores, veja seus favoritos desaparecerem novamente
J) Favoritos > Importar favoritos e configurações > (mudar do Mozilla Firefox para o arquivo HTML de marcadores) > Escolha o arquivo > aponte para arquivar yhou salvo anteriormente
K) Aproveite seus favoritos antigos!