Você pode tentar o seguinte:
Inicialize a partir de um CD / DVD / USB ativo e, em seguida, selecione a opção para instalar manualmente o Ubuntu. Agora, escolha as opções corretas para montar a partição raiz em / e a partição inicial em / home. Certifique-se de não selecionar a opção para formatar essas partições, agora escolha a opção para montar a partição de boot para / boot e agora você selecione a opção para formatar esta partição. O instalador agora instalará uma nova partição de inicialização não criptografada, mantendo as outras duas partições intocadas, para que você não perca dados importantes. Quando isso terminar, você poderá inicializar normalmente e poderá descriptografar as outras partições usando sua senha. Isso só funcionará quando você tiver seus arquivos de inicialização em uma partição separada.