Você precisaria criar um MBR na unidade e particioná-lo em duas partes, uma sendo Fat32 ou NTFS e a outra sendo ext3 / ext4. Tudo o que foi dito, YUMI teria que reescrever todas as tabelas de partição quando estiver escrevendo as iso's. Eu acho que isso vai te levar na direção certa: link
Quando você instala o Ubuntu, ele geralmente reescreve tudo para ext3 / ext4. O NTFS é um sistema de arquivos da Microsoft que o Ubuntu teria sobrescrito. Se você tiver o Ubuntu instalado, ele poderá gravar em uma partição NTFS se você tiver o pacote ntfs-3g instalado. link