Não há explicação porque o Ubuntu "corrompeu" suas janelas. Você poderia dar mais detalhes sobre qual mensagem você recebeu do Windows, para chegar a essa conclusão?
O que você quer dizer com formatação da partição do Windows? Qual programa você usou?
Você poderia reabrir um programa do Ubuntu que administra discos rígidos (por exemplo, pressione Alt + F2, digite palimpsest ) e verifique qual é a situação exata do seu disco rígido. Pode ser que o formato NTFS não tenha percorrido todo o caminho até o final.
Não tenho experiência recente com a instalação do Windos, mas também acho que seria suficiente remover qualquer formatação de uma parte do disco rígido e permitir que o windows se instalasse lá.