A opção mais segura seria instalar o Ubuntu na partição diferente. Mas de acordo com este post , parece seguro. Aqui eu cito:
O Wubi não será afetado por vírus do Windows. O Wubi é quase idêntico à instalação padrão do Ubuntu, exceto pelo fato de que tudo está dentro de um arquivo na partição do Windows. Portanto, ele não pode executar executáveis do Windows (incluindo vírus). A única maneira de obter um vírus do Wubi é baixar algo que contenha vírus, transferir o arquivo para o Windows, inicializar o Windows e depois executar o vírus pelo Windows.
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EDITAR Além disso, se você quiser executar qualquer programa no wine a partir da instalação do Windows infectada, especialmente como root, você pode abrir o sistema para infecção. Além disso, a opção mais segura é formatar tudo e depois instalar o Ubuntu - ObsessiveFOSS