Como você tem uma unidade flash de 8 GB, recomendo configurar uma sessão ao vivo persistente, ou seja, quando você inicializar seu computador via USB, você receberá uma sessão do Ubuntu que manterá seus arquivos e preferências (imagem de fundo, tema, etc). Eu tentei instalar o Ubuntu em um pendrive várias vezes e ele normalmente falharia além do reparo ao executar atualizações, mas executar atualizações em uma sessão ao vivo persistente parece funcionar bem. Na sua caixa Ubuntu você deve ser capaz de acessar o Startup Disk Creator que lhe permitirá usar uma imagem de disco do Ubuntu e fazer seu pendrive inicializá-la. Somente o Ubuntu vai ocupar menos que um gig, você pode querer pegar a edição de DVD que é de 1.5 GB (inclui o GIMP então vale a pena), e você ainda terá muito espaço para mais softwares e arquivos.
Quanto aos gerenciadores de partida, seu pendrive inicializará apenas o Ubuntu, então não é realmente um problema. Seus computadores que não são da Apple têm um BIOS, onde você precisa ter certeza de que é possível inicializar a partir do USB (o Pentium 4 é um sucesso ou um fracasso; qualquer coisa mais nova deve ser capaz de inicializar a partir do USB). Existem instruções aqui para inicializar o Ubuntu via USB em um Mac . Você pode querer usar o UnetBootin no seu Mac para fazer o seu pendrive inicializar com o Ubuntu.
Se o que você está procurando é como uma máquina virtual portátil (o que eu duvido, porque você disse que quer modificar arquivos no seu computador com o USB rodando em um pendrive), seria muito mais complicado para ele ser o SO -agnóstico. Talvez usando o Qemu, mas, mesmo assim, você teria que configurá-lo muito bem com emuladores no pen drive para poder executar uma máquina virtual em vários computadores / sistemas operacionais contendo todo o software para fazer isso diretamente no pendrive .