Sim, de fato, você pode mudar isso fechando o nautilus e abrindo um terminal, e faça o seguinte:
mv -v /home/$USER/Desktop /home/$USER/<new-name>
Mas isso é apenas o primeiro passo na mudança que você pretende fazer, agora abra /home/$USER/.config/user-dirs.dirs
e edite a seguinte linha:
XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/desktop"
Para refletir suas alterações, como no exemplo a seguir:
XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/<new-name>"
Em seguida, salve, saia e reinicie e aproveite o diretório diferente da área de trabalho.