Não tem certeza de como você está instalando, suspeito de um LiveCD (ou USB) e você não está iniciando o instalador no Windows? Se fizer isso, reinicie o seu computador a partir do USB ou CD com o conteúdo do LiveCD.
O Ubuntu deve ver qualquer partição livre, seja formatada em FAT ou NTFS, e deve sugerir o uso do espaço disponível. Se você não estiver vendo nenhuma dessas opções, volte para o Windows e remova as partições que você criou para o Linux. Deixe o espaço disponível como espaço não tratado, para que não haja partições ou formatações adicionais, apenas "espaço livre". Tente reiniciar novamente com o seu LiveCD e veja se isso faz alguma diferença.