Isso não foi resolvido até que essa resposta fosse escrita, mas o objetivo principal de usar o unetbootin era tornar o Windows inicializável, o que pode ser feito usando o winusb.
Para instalar o winusb:
sudo add-apt-repository ppa:colingille/freshlight
sudo apt-get update
sudo apt-get install winusb
Ele tem uma interface do usuário muito intuitiva, portanto, tornar o Windows inicializável não deve ser difícil.