O problema é que a Shotwell somente copiará as fotos se elas estiverem localizadas fora do seu diretório XDG Pictures (geralmente ~ / Pictures). Se eles estiverem localizados dentro do seu diretório Pictures, a Shotwell não copia nem reorganiza os mesmos. (É uma decisão difícil, mas há muitas pessoas por aí que absolutamente, positivamente NÃO querem que movamos suas fotos porque elas tiveram um grande trabalho para organizá-las em primeiro lugar.)
Da leitura dos comentários à sua pergunta, parece que você encontrou uma solução alternativa: importe todas as fotos de uma pasta fora de Fotos e escolha copiar. Infelizmente, isso significa remover todas as fotos do Shotwell e importá-las novamente, o que significa que você perderá todas as alterações feitas (edições, tags, etc.)
Temos um ticket exatamente para o que você está procurando: link Não faço ideia de quando / se ele será esteja pronto, mas gostaríamos de oferecê-lo.